几内亚湾暖流是一年四季都存在的，但在不同季节里它的位置和强度都会发生变化。在北半球的夏季，随着季风气流的形成，赤道地区的海面温度上升，几内亚湾暖流得到加强并向北流动。到了冬季，季风逆转，海面温度下降，几内亚湾暖流减弱并向南流动。这种季节变化在赤道以南的地区相对较弱。
几内亚湾沿岸有一条寒流，它是从南极洲的海洋向北流动，经过南大西洋和南印度洋，绕过好望角后流入几内亚湾。这条寒流被称为贝宁寒流，它对几内亚湾沿岸的气候和生态环境产生了影响。在地图上可以看到，这条寒流从几内亚湾东南角进入，沿着西岸向北流动，然后沿着北岸向东流出几内亚湾口。